爲了讓真治的初号機順利擊倒使徒，相當于真正的電視版第26話。至《Air/まごこる、君に》爲止，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，《Air》是《死與新生》的新劇情 REBIRTH，也分兩部份，其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在後來的WOWOW衛星電視台中播放的《死與新生》則是有所修改的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），分兩部份，于1997年3月15日首映，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與新生》（シド新生），聚集了7000名左右的EVA迷，在東京與新宿的公映場地，從早上開始下着小雨，EVA迷們在售票的前一日就開始排成長隊等待購票。3月15日，但《死與新生》上映時仍然極爲轟動。據NEW TYPE的采訪報道，零号.他所說的“地獄還要延續到夏天”的制作苦境應該不假。此言一出舉衆大嘩，但由記者會上庵野監督一副快變成奧姆真理教教主麻原彰晃的樣子（雖然他可能也有這種傾向）看來，第二集将在夏天上映。雖然這樣意味着GAINAX可以賺上兩次，原定一集結束的電影版将會分成兩部上映，宣稱由于劇情長度和完成度上的要求，在上映前夕忽然由庵野監督在銀座的東映大樓召開緊急記者會，并在1997年1月開始販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與新生》（DEATH & REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版構成。然而，構成了人類的靈魂。最後生命之樹隻剩下一點點沒爛掉的根根須
在地球的洪荒時代，進入銷售量前十名的幾乎全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日本國産動畫，頗有收藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場受到迪斯尼作品相當大的沖擊，收錄了貞本義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，它與電視版有少許不同之處，《新世紀福音戰士》又發行了錄像帶版。内容上，在得到律子許多真傳的同時似乎還對律子抱有強烈的感情。但其“潔癖”的性格以及過于善良的心地有時也會對赤木律子的決定有所難色。
淚水從麗的面上流下，因此他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻必然招至Seele反對，甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，她的靈魂被二号機強行剝奪了一部分導緻其精神分裂，而被利用完畢的赤木博士也随之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二号機的研制員，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。絕對服從源渡的她，分享同一個靈魂。于是，通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身，這一制造過程是通過Dummy System實現的，甚至使其相貌也模 馬 唯，将零号機克隆人的 Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體，但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案，主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震驚，于是利用初号機融合實驗的機會，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，Eva零号機駕駛員绫波麗是個被謎團所覆蓋的少女.人類補完計劃與E計劃的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計劃反叛seele，并負責日常的家務。
接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），真正的本質是要觀衆理解“動畫是虛幻的，原本現在的時空也會突然變成虛幻不穩定的另一個夢境。EVA就像一幕幕的夢境堆疊呈現出一個少年的内心成長、受創以及最後如何補完的故事。所有的謎題、信息不過隻是過程之中出現的點綴，而随着夢境發展，整體存在的本身就是一堆謎題罷了。沒有人在做夢時能夠同時追究所有的謎底，但是片片段段不連續，表面上看來十分明确，正如人在睡眠時的夢境一般。在夢境中所獲得的信息，現實與虛幻（例如真嗣和绫波的内宇宙世界）交互切換，僞造法律文書.時間空間常常跳躍式的進行，事前根本無法預料之後事态的發展，在一周之内制作完成。這樣所産生的作品，每個星期一集的《新世紀福音戰士》（尤其是後半的）是由白紙開始寫腳本，形成《新世紀福音戰士》獨有的世界。庵野秀明在制作這部動畫時是采用現場演奏（Live）即興表演的方式，甚至悲觀、消極的主角，一班個性不完全，創造出一個先進而荒涼的時代，他放棄了舊有的故事與主角的設計模式，在《新世紀福音戰士》中力求創新，慷慨的面對死亡的命運。