接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），要記憶它的一個個畫面十分困難。就像Subliminal message的手法一樣不斷的将故事裏面的謎和伏線埋藏在影像當中。這些影像是用一種人體知覺幾乎無法接受的速度投射在人的視網膜上，主題歌《殘酷的天使計劃》是将影像搭配着快速的音樂節拍同時進行着的。因爲情報密度很高，還收錄了兩部電影版本。
與錄像帶版差不多同時開始銷售的《新世紀福音戰士》LD版有“最早收錄5枚”、“複制版”和“特别通信版”等幾種，進入銷售量前十名的幾乎全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日本國産動畫，頗有收藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場受到迪斯尼作品相當大的沖擊，收錄了貞本義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，它與電視版有少許不同之處，《新世紀福音戰士》又發行了錄像帶版。内容上，死海.EVA的故事全部完結。
電視版放映完後，相當于真正的電視版第26話。至《Air/まごこる、君に》爲止，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，《Air》是《死與新生》的新劇情 REBIRTH，也分兩部份，其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在後來的WOWOW衛星電視台中播放的《死與新生》則是有所修改的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），分兩部份，于1997年3月15日首映，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與新生》（シド新生），聚集了7000名左右的EVA迷，在東京與新宿的公映場地，從早上開始下着小雨，EVA迷們在售票的前一日就開始排成長隊等待購票。3月15日，但《死與新生》上映時仍然極爲轟動。據NEW TYPE的采訪報道，他所說的“地獄還要延續到夏天”的制作苦境應該不假。此言一出舉衆大嘩，但由記者會上庵野監督一副快變成奧姆真理教教主麻原彰晃的樣子（雖然他可能也有這種傾向）看來，第二集将在夏天上映。雖然這樣意味着GAINAX可以賺上兩次，原定一集結束的電影版将會分成兩部上映，宣稱由于劇情長度和完成度上的要求，在上映前夕忽然由庵野監督在銀座的東映大樓召開緊急記者會，并在1997年1月開始販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與新生》（DEATH & REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版構成。然而，由GAINAX推出的衆多EVA 周邊産品全部成爲搶手貨。
公元2015年6月14日下午12時30分，因此他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻必然招至Seele反對，甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，她的靈魂被二号機強行剝奪了一部分導緻其精神分裂，而被利用完畢的赤木博士也随之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二号機的研制員，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。絕對服從源渡的她，分享同一個靈魂。于是，通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身，這一制造過程是通過Dummy System實現的，甚至使其相貌也模 馬 唯，将零号機克隆人的 Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體，但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案，主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震驚，于是利用初号機融合實驗的機會，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，人類補完計劃與E計劃的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計劃反叛seele，并使其聽命于人類。