亞當問上帝，爲什麽塵世萬物獨有我如此孤傲？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物退化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳植物多莉羊誕生。
人類對自己手中具有了神的氣力感到恐怕，但也有人喊出了踢翻上帝寶座的誓詞：
Godwis in his heaudio-videoen.perfectlys with the world！——Seele座右銘
公元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位于箱根的報酬退化研究所（GEHIRUN的對外稱号）公開第二實驗場，親眼眼見了自己的母親在初号機中化爲次量子形态（同步率百分之四百）。不久之後，碇源渡将小真嗣托付給了住在遠方的一位老師，父親絕情離去的背影成爲了真嗣心中的惡夢，在長大後仍接續躍出腦海......
但他并不知道父親與其面前的Seele正在處置的浩蕩事業。第二次沖擊後，位于日本相模灣邊的箱根區域下的巨大球形空間内，成百萬噸的沙土被移走，地表中安裝了二十二層裝甲防護，可謂是金城湯池，人類退化研究所就以此爲基地，Lilith則被釘在了更深地層下的中央教條區中。作爲人類補完計劃的補助，平行實行了E計劃，從南極運來的已經掉S^2機關的第二使徒被裝上了約束裝甲，成爲人類未來補完的重要工具——EVA初号機，并且對其舉行仿制取得了一部沒有靈魂的EVA零号機。可是沒有靈魂同步的EVA便無法使用，獨一的宗旨是提取Lilith的靈魂精神制造了一個具有使徒能力的克隆人，并使其聽命于人類。
與此同時，人類補完計劃與E計劃的主要執行者之一的碇唯卻在黑暗計劃反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，于是使用初号機融合實驗的機緣，自動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震恐，但他很快下手逆水推舟實行自己的一套補完計劃，将零号機克隆人的 Lilith靈魂精神中摻入碇唯的粒子體，乃至使其相貌也模 馬 唯，這一制造進程是議決Dummy System告竣的，議決這個編制不妨由一個主體克隆出有數個分身，分享同一個靈魂。于是，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。完全屈從源渡的她，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，而被使用完畢的赤木博士也随之自盡身亡。另外一個被使用的人是EVA二号機的研制員，她的靈魂被二号機強行剝奪了一局部招緻其精力分裂，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，乃至可能是Seele安放在他身邊的制衡氣力，于是他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻肯定招至Seele抗議，于是源渡不得不耐性守候機緣。
公元2015年6月14日下午12時30分，第三使徒出現，向人類的要塞都市——第三新東京市襲來，關東濱海區全戒嚴，戰略防身隊機甲部隊及N2雷（即No Nuclear無核武器，但能力不亞于核炸彈）攻擊均宣告有效。源渡的機緣終于到了，真嗣正在前來NERV的路上...........
GAINAX于1996年11月發布了EVA将制作電影版的音塵，并在1997年1月下手販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與再生》（DEATH &rev; REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版組成。可是，在上映前夕突然由庵野監視在銀座的東映大樓召交戰急記者會，宣揚由于劇情長度和完成度上的央浼，原定一集結束的電影版将會分紅兩部上映，第二集将在夏地下映。固然這樣意味着GAINAX不妨賺上兩次，但由記者會上庵野監視一副快變成奧姆道理教教主麻原彰晃的樣子（固然他可能也有這種傾向）看來，他所說的“天堂還要延續到夏天”的制作苦境該當不假。此言一出舉衆大嘩，公務文書.但《死與再生》上映時依然極爲振撼。據NEW TYPE的采訪報道，EVA迷們在售票的前一日就下手排發展隊守候購票。3月15日，從早高低手下着小雨，在東京與新宿的公映場地，糾集了7000名左右的EVA迷，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與再生》（シド再生），于1997年3月15日首映，分兩部份，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在自後的WOWOW衛星電視台中播放的《死與再生》則是有所修正的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，也分兩部份，《Air》是《死與再生》的新劇情 REBIRTH，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，相當于真正的電視版第26話。事務性文書.至《Air/まごこる、君に》爲止，EVA的故事全部完結。
電視版放映完後，《新世紀福音兵士》又發行了錄像帶版。形式上，它與電視版有少許不同之處，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，收錄了貞轉義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，頗有保藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場遭到迪斯尼作品相當大的沖擊，進入出售量前十名的險些全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日外國産動畫，唯有《新世紀福音兵士》上榜并位于首位。錄像帶版在1996年共售出了 90萬盒。
《新世紀福音兵士》的片頭是由總長90秒的84段畫面組成的，主題歌《兇惡的天使計劃》是将影像搭配着快速的音樂節拍同時舉行着的。由于情報密度很高，要記憶它的一個個畫面十分麻煩。就像Sublimining messdingested of bisexualrth的手法一樣接續的将故事内中的謎和伏線儲藏在影像當中。這些影像是用一種人體知覺險些無法接受的速度投射在人的視網膜上，使人的潛認識在有認識間留下長遠印象。這種手法也是奧姆道理教常用的Sublimining映像手法。
接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），其最下端的圓輪内标“Adonai”，爲上帝的另一稱謂。其下十片羽翼，代表造物主用以彰顯自己的十個溢出階段或十種大能（稱Sefira，單數型爲Sefirot或Sephiroth），每一個Sefira代表上帝的一個方面，依序爲：至高冠冕，慧，智，愛，大能，美，萬世，威，基礎及王權。其上的十個圓輪，有的标“Elogoodness me”或标示“Elohim”，其意皆指上帝。此十圓輪亦代表十個Sefira，若仔細觀看，不妨發現每一杈枝上亦标有“Sefirot”或“Sephiroth”。（參見用語篇中的“卡巴拉生命樹”）