亞當問上帝，爲什麽陽世萬物獨有我如此孤苦？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物退化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳植物多莉羊誕生。
人類對自己手中具有了神的氣力感到怯生生，但也有人喊出了踢翻上帝寶座的誓詞：
Godis in his heaudio-videoen:perfectlys with the world！——Seele座右銘
公元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位于箱根的待遇退化研究所（GEHIRUN的對外稱号）公開第二實驗場，親眼眼見了自己的母親在初号機中化爲次量子形态（同步率百分之四百）。不久之後，碇源渡将小真嗣托付給了住在遠方的一位老師，父親絕情離去的背影成爲了真嗣心中的惡夢，在長大後仍絡續躍出腦海......
但他并不知道父親與其面前的Seele正在處置的浩蕩職責。第二次沖擊後，位于日本相模灣邊的箱根區域下的巨大球形空間内，成百萬噸的沙土被移走，地表中裝備了二十二層裝甲防護，可謂是安如盤石，人類退化研究所就以此爲基地，Lilith則被釘在了更深地層下的中央教條區中。作爲人類補完計劃的補助，平行實行了E計劃，從南極運來的已經失落S^2機關的第二使徒被裝上了羁絆裝甲，成爲人類未來補完的重要工具——EVA初号機，并且對其實行仿制取得了一部沒有靈魂的EVA零号機。然則沒有靈魂同步的EVA便無法使用，獨一的要領是提取Lilith的靈魂精神制造了一個具有使徒能力的克隆人，并使其聽命于人類。
與此同時，人類補完計劃與E計劃的主要推行者之一的碇唯卻在漆黑計劃反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，于是使用初号機融合實驗的機遇，自動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感恐懼，僞造的安祖賽弗.但他很快開端因利乘便實行自己的一套補完計劃，将零号機克隆人的 Lilith靈魂精神中摻入碇唯的粒子體，以至使其相貌也模 馬 唯，這一制造進程是經由過程Dummy System完成的，經由過程這個編制不妨由一個主體克隆出有數個分身，分享同一個靈魂。于是，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。萬萬遵照源渡的她，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，而被使用完畢的赤木博士也随之自盡身亡。另外一個被使用的人是EVA二号機的研制員，她的靈魂被二号機強行剝奪了一局部招緻其心靈魂魄分裂，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，以至可能是Seele安放在他身邊的制衡氣力，以是他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻一定招至Seele破壞，以是源渡不得不耐煩等候機遇。
公元2015年6月14日下午12時30分，第三使徒出現，向人類的要塞都市——第三新東京市襲來，關東濱海區全戒嚴，戰略防身隊機甲部隊及N2雷（即No Nuclear無核武器，但能力不亞于核炸彈）攻擊均宣告有效。源渡的機遇終于到了，真嗣正在前來NERV的路上...........
【詳解】
動畫篇
20年來，日本的動畫産品司空見慣，不過能惹起廣泛社會辯論的能有幾部呢？由GAINAX制作的《新世紀福音兵士》（Neon Genesis Evchoose to beneficialgelion／新世紀エヴァンゲリオン）就是這樣一部作品。GAINAX起先是一個由專業動畫喜歡者成立的公司，其産品《王立宇宙軍》、《逾越巅峰》（Gunreliever）、《不可思議的海之娜丁娅》等均取得好評。然則《新世紀福音兵士》這部怪胎則引來了一片贊頌和嘲罵之聲。贊頌的說這部動畫的美工麗都、配音雅緻、分鏡獨出心裁，是部從頭到腳都優裕飽滿着譬喻的深邃作品。嘲罵的說這部動畫沒有形式、烏七八糟、有始無終、不知所雲，是GAINAX意欲再度騙錢的“新世紀撈錢法”，是監視庵野秀明小我體現的結果。（EVA，監視造出的東西；GAINAX，監視職責的住址；監視是啥？玩弄觀衆的人）有人開端回頭認真的去考究起基督宗教的實際，有人則在屏幕上用了绫波麗的桌面。确實，這部動畫使用了許多宗教方面的設定，形式艱澀難懂，不看完不知道什麽意思，看完就有了更多的疑問。别的作品是謎題随着劇情發展絡續解開，可這部作品是随着話數的擴充舊謎題不見得解開，新謎題反而暴增。很可能到末了的末了，你還是搞不清楚劇中的人事物到底是什麽，到底在做什麽，到底在想什麽。當看到監視庵野秀明的訪談輿論之後，你也許忍不住要猜測：“這人，到底說了幾分實話、幾分謊言？”看着這部片，你可能會疑心，是制作群存心要“攻”他人的“殼”，還是其實是自己已經開端在外部崩壞了呢？
GAINAX于1996年11月發布了EVA将制作電影版的信息，并在1997年1月開端販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與重生》（DEATH &rev; REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版組成。然則，在上映前夕忽地由庵野監視在銀座的東映大樓召開垂危記者會，宣傳由于劇情長度和完成度上的條件，原定一集結束的電影版将會分紅兩部上映，第二集将在夏地下映。固然這樣意味着GAINAX不妨賺上兩次，但由記者會上庵野監視一副快變成奧姆道理教教主麻原彰晃的樣子（固然他可能也有這種傾向）看來，他所說的“天堂還要延續到夏天”的制作苦境該當不假。此言一出舉衆大嘩，但《死與重生》上映時依然極爲震蕩。據NEW TYPE的采訪報道，EVA迷們在售票的前一日就開端排發展隊等候購票。3月15日，從早上開端下着小雨，在東京與新宿的公映場地，糾集了7000名左右的EVA迷，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與重生》（シド重生），于1997年3月15日首映，分兩部份，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），死海文書.其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在自後的WOWOW衛星電視台中播放的《死與重生》則是有所篡改的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，也分兩部份，《Air》是《死與重生》的新劇情 REBIRTH，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，相當于真正的電視版第26話。至《Air/まごこる、君に》爲止，EVA的故事全部完結。
電視版放映完後，《新世紀福音兵士》又發行了錄像帶版。形式上，它與電視版有少許不同之處，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，收錄了貞轉義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，頗有保藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場遭到迪斯尼作品相當大的沖擊，進入販賣量前十名的險些全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日外國産動畫，唯有《新世紀福音兵士》上榜并位于首位。錄像帶版在1996年共售出了 90萬盒。
開端的部份是一團光，像是顯微鏡下的細胞，也不妨看作一個天體（也有另外的講明，參見用語篇的“死海文書”中的“諾斯替主義”）。接上去可看到猶太密教（神秘主義）卡巴拉（Kchoose to bellybisexualnggoodness me）的圖像，是一個具有人面，十二片羽翼，二十八隻眼的活物，可能隐喻“人類，四方萬國，圓滿”之意（猶太文明中7代表圓滿，6、12、24等爲聖數）。也有說法說這是智天使的形貌（參見用語篇中的“使徒”）。卡巴拉就是以神的世界跟小我互換，而取得神智的神秘主義，二世紀末還生存着，在卡巴拉中，以爲無法去領會的最高神的原理，稱作“AINSOF（無窮的意思）”，實際世界就是從中延遲進去的二次元世界。出名的“卡巴拉生命樹”的圖像也就是将這個世界觀象徵化的體現，卡巴拉的思想也就是其中的重心。
接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），其最下端的圓輪内标“Adonai”，爲上帝的另一稱号。其下十片羽翼，代表造物主用以彰顯自己的十個溢出階段或十種大能（稱Sefira，單數型爲Sefirot或Sephiroth），每一個Sefira代表上帝的一個方面，依序爲：至高冠冕，慧，智，愛，大能，美，長期，威，根蒂及王權。其上的十個圓輪，有的标“Elogoodness me”或标示“Elohim”，其意皆指上帝。此十圓輪亦代表十個Sefira，若仔細觀看，不妨發現每一杈枝上亦标有“Sefirot”或“Sephiroth”。（參見用語篇中的“卡巴拉生命樹”）
赤木律子的母親，NERV中央電腦MAGI的開發人，她以自己不同身爲迷信家，母親，與女人的頭腦方式爲原本制作了MAGI的三大編制：MELCHIOR-1， BALTHASAR-2 mainly choose to because well mainly choose to because CASPER-3。