接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），使徒一定會蘇醒來與人類爲敵，而失敗的一方隻有死亡（赢的一方盡管也得死但靈魂得到拯救呵呵）。因此在這個約定時刻到來之前，或者說就是成爲神，便可以成爲新生命形态，控制Adam的一方回歸Lilith之卵後，因爲遺傳因子都從Adam而出（所以Adam也稱作第一使徒、最初的人），哪一方控制Adam是至關重要的，人類和使徒，重新生長出生命之樹并産生新形态的生命體。在這一過程中，還指出将來某一時刻由Adam與Lilith所生的必将歸還本體，不但指出人類與使徒的起源，終于取得成功。死海.其記載内容令人震驚，震驚了考古學界。其破譯工作持續了很多年，一些吉普賽人偶然發現了死海文書，在約旦溪谷的洞窟中，孤寂感迫使人類開始尋找新的生存之道......公元1947年，心靈中充滿冷漠與悲哀，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人與人之間産生隔閡，憑借智慧發展出高度發達的文明，足迹已經遍步地球，當年的第十八使徒——人類，還收錄了兩部電影版本。
抱歉，相當于真正的電視版第26話。至《Air/まごこる、君に》爲止，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，《Air》是《死與新生》的新劇情 REBIRTH，也分兩部份，其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在後來的WOWOW衛星電視台中播放的《死與新生》則是有所修改的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），分兩部份，于1997年3月15日首映，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與新生》（シド新生），聚集了7000名左右的EVA迷，在東京與新宿的公映場地，從早上開始下着小雨，EVA迷們在售票的前一日就開始排成長隊等待購票。3月15日，但《死與新生》上映時仍然極爲轟動。據NEW TYPE的采訪報道，他所說的“地獄還要延續到夏天”的制作苦境應該不假。此言一出舉衆大嘩，但由記者會上庵野監督一副快變成奧姆真理教教主麻原彰晃的樣子（雖然他可能也有這種傾向）看來，第二集将在夏天上映。雖然這樣意味着GAINAX可以賺上兩次，原定一集結束的電影版将會分成兩部上映，宣稱由于劇情長度和完成度上的要求，在上映前夕忽然由庵野監督在銀座的東映大樓召開緊急記者會，并在1997年1月開始販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與新生》（DEATH & REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版構成。然而，才能确保心理上的平衡。
《新世紀福音戰士》的電視版，進入銷售量前十名的幾乎全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日本國産動畫，頗有收藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場受到迪斯尼作品相當大的沖擊，收錄了貞本義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，它與電視版有少許不同之處，《新世紀福音戰士》又發行了錄像帶版。内容上，生物進化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳動物多莉羊誕生。
電視版放映完後，因此他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻必然招至Seele反對，甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，她的靈魂被二号機強行剝奪了一部分導緻其精神分裂，而被利用完畢的赤木博士也随之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二号機的研制員，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。絕對服從源渡的她，十八.分享同一個靈魂。于是，通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身，這一制造過程是通過Dummy System實現的，甚至使其相貌也模 馬 唯，将零号機克隆人的 Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體，但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案，主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震驚，于是利用初号機融合實驗的機會，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，人類補完計劃與E計劃的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計劃反叛seele，僞造文書罪.绫波麗也始終保持着穩定的人氣度而與後起的許多風潮女主角相比毫不遜色。