亞當問上帝，爲什麽人間萬物獨有我如此孤立？于是上帝取他的肋骨制造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物退化史上第一隻體細胞無性克隆哺乳植物多莉羊誕生。
人類對自己手中具有了神的氣力感到怯生生，但也有人喊出了踢翻上帝寶座的誓詞：
Godwis in his heaudio-videoeno . k .s with the world！——Seele座右銘
公元2004年，三歲的碇真嗣被帶到位于箱根的待遇退化研究所（GEHIRUN的對外稱号）公開第二實驗場，親眼眼見了自己的母親在初号機中化爲次量子形态（同步率百分之四百）。不久之後，碇源渡将小真嗣托付給了住在遠方的一位老師，父親絕情離去的背影成爲了真嗣心中的惡夢，在長大後仍不絕躍出腦海......
但他并不知道父親與其面前的Seele正在處置的浩蕩管事。第二次沖擊後，位于日本相模灣邊的箱根地域下的巨大球形空間内，成百萬噸的沙土被移走，地表中安裝了二十二層裝甲防護，可謂是安如泰山，人類退化研究所就以此爲基地，Lilith則被釘在了更深地層下的中央教條區中。作爲人類補完計劃的補助，平行實行了E計劃，從南極運來的已經?失S^2機關的第二使徒被裝上了約束裝甲，成爲人類未來補完的重要工具——EVA初号機，并且對其舉行仿制取得了一部沒有靈魂的EVA零号機。然則沒有靈魂同步的EVA便無法使用，獨一的方式是提取Lilith的靈魂精神制造了一個具有使徒能力的克隆人，并使其聽命于人類。
與此同時，人類補完計劃與E計劃的主要踐諾者之一的碇唯卻在漆黑計劃反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次沖擊，于是愚弄初号機融合實驗的時機，自動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計劃的重要工具中。源渡對碇唯此舉深感震恐，但他很快着手因利乘便實行自己的一套補完計劃，将零号機克隆人的 Lilith靈魂精神中摻入碇唯的粒子體，乃至使其相貌也模 馬 唯，這一制造進程是經曆Dummy System殺青的，經曆這個編制不妨由一個主體克隆出有數個分身，分享同一個靈魂。于是，The First Children——零号機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。僞造法律文書.一概聽從源渡的她，将剛剛制造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭罵後隕命，而被愚弄完畢的赤木博士也随之自盡身亡。另外一個被愚弄的人是EVA二号機的研制員，她的靈魂被二号機強行剝奪了一局部招緻其精力分裂，其女明日香則被選爲The Second Children——建造中的二号機專屬駕駛員。對源渡來說二号機難以控制，乃至可能是Seele安放在他身邊的制衡氣力，以是他試圖将最重要的初号機交給自己的兒子以便控制。但将真嗣選爲The Third Children卻勢必招至Seele回嘴，以是源渡不得不耐性期望時機。
公元2015年6月14日下午12時30分，第三使徒出現，向人類的要塞都市——第三新東京市襲來，關東濱海區全戒嚴，戰略防身隊機甲部隊及N2雷（即No Nuclear無核武器，但能力不亞于核炸彈）攻擊均宣告有效。源渡的時機終于到了，真嗣正在前來NERV的路上...........
GAINAX于1996年11月發布了EVA将制作電影版的音問，并在1997年1月着手販賣含海報、電話卡和預告錄影帶的電影預售票。這部叫做《死與複活》（DEATH &haudio-videoe always remainenplifier; REBIRTH）的電影版号稱将由60分鍾的電視版總集篇和60分鍾的第25、26話重制版組成。然則，在上映前夕陡然由庵野監視在銀座的東映大樓召開緊張記者會，傳揚由于劇情長度和完成度上的條件，原定一集結束的電影版将會分紅兩部上映，第二集将在夏地下映。固然這樣意味着GAINAX不妨賺上兩次，僞造文書罪.但由記者會上庵野監視一副快變成奧姆道理教教主麻原彰晃的樣子（固然他可能也有這種傾向）看來，他所說的“天堂還要延續到夏天”的制作苦境應當不假。此言一出舉衆大嘩，但《死與複活》上映時依然極爲震動。據NEW TYPE的采訪報道，EVA迷們在售票的前一日就着手排發展隊期望購票。3月15日，從早上着手下着小雨，在東京與新宿的公映場地，聚積了7000名左右的EVA迷，其中3500人是徹夜等候。第一部《死與複活》（シド複活），于1997年3月15日首映，分兩部份，包括了72分鍾的電視版總集篇（DEATH）和27分鍾的新劇情（REBIRTH），其中REBIRTH相當于真正的電視版第25話。在其後的WOWOW衛星電視台中播放的《死與複活》則是有所?改的TRUE版。第二部THE END OF EVANGELION《Air/真心爲你》（Air/まごこる、君に）于4個月後的7月19日公映，也分兩部份，《Air》是《死與複活》的新劇情 REBIRTH，《真心爲你》是第三次沖擊的大結局，相當于真正的電視版第26話。至《Air/まごこる、君に》爲止，EVA的故事全部完結。
電視版放映完後，《新世紀福音兵士》又發行了錄像帶版。形式上，它與電視版有少許不同之處，此外還編輯了叫做IN THE BEGINNING的總集編，收錄了貞轉義行與庵野秀明等制作人員的創作思想，頗有保藏價值。1996年的日本動畫錄像帶版市場遭到迪斯尼作品相當大的沖擊，進入出賣量前十名的險些全都是《風中奇緣》之類的迪斯尼大作。日外國産動畫，惟有《新世紀福音兵士》上榜并位于首位。錄像帶版在1996年共售出了 90萬盒。
接着出現的是“賜予生命之樹”（The tree of life），其最下端的圓輪内标“Adonai”，爲上帝的另一稱謂。其下十片羽翼，代表造物主用以彰顯自己的十個溢出階段或十種大能（稱Sefira，單數型爲Sefirot或Sephiroth），每一個Sefira代表上帝的一個方面，依序爲：至高冠冕，慧，智，愛，大能，美，恒久，威，底子及王權。僞造文書罪.其上的十個圓輪，有的标“Elooh”或标示“Elohim”，其意皆指上帝。此十圓輪亦代表十個Sefira，若仔細觀看，不妨發現每一杈枝上亦标有“Sefirot”或“Sephiroth”。（參見用語篇中的“卡巴拉生命樹”）